北京市疾病预防控制局成立于2022年12月。2023年12月，北京市委编办批复《北京市疾病预防控制局职能配置、内设机构和人员编制规定》，明确市疾控局为市政府部门管理机构，由北京市卫生健康委员会管理，为副局级。市疾控局主要工作职责如下：

　　（一）贯彻落实国家关于疾病预防控制及公共卫生监督的法律、法规，研究起草本市相关地方性法规草案，建设本市疾病预防控制网络和工作体系。

　　（二）领导本市各级疾病预防控制机构业务工作，制定监督检查和考核评价办法并组织实施，指导开展监测预警、免疫规划和隔离防控等相关工作，建立上下联动的分工协作机制。

　　（三）负责本市免疫规划以及严重危害人民健康公共卫生问题的干预。

　　（四）统筹管理本市传染病机构及其他医疗机构疾病预防控制工作。 

　　（五）统筹推进本市传染病疫情监测预警体系建设，组织开展疫情监测、风险评估工作并发布疫情信息，建立健全跨部门、跨区域的疫情信息通报和共享机制。

　　（六）负责本市传染病疫情应对相关工作，指导本市疾病预防控制系统应急体系和能力建设。

　　（七）负责本市疾病预防控制科研体系建设，统筹推进本市疾病预防控制信息化建设，开展疾病预防控制领域国内外交流合作。

　　（八）负责本市传染病防治、环境卫生、学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生监督管理和职业卫生、放射卫生监督工作。